《仙剑奇侠传五前传》的结局非常悲壮，是整个仙剑系列中著名的“虐心”结局之一，游戏结局分为主线最终战和后续的“结局动画”（即配音表后的剧情）,主要交代了各位主角的最终命运：

最终战与瑕的结局

• 主线最终战：主角团在覆天顶与魔翳（舅舅）展开决战，在战斗的最后，为了阻止魔翳利用雾魂和水脉毁灭人界，瑕（此时体内有魔气）跳入神魔之井的裂缝中。夏侯瑾轩为了救瑕,也随之跳下。
• 结局动画：多年后（约20年后），在当初两人坠崖的地方，暮菖兰听到背后传来熟悉的脚步声和一句“兰姐”，她回头，看到了夏侯瑾轩和瑕，两人似乎并未死去，而是生还并归隐，这是整个悲剧结局中唯一的一抹亮色（官方设定中两人是生还的）。

其他主角的结局

• 谢沧行（罡斩）：在锁妖塔（蜀山）一役中，为了阻止姜世离破坏神魔之井的封印，他以兵解（自杀式攻击）的方式加固了封印，壮烈牺牲，他是本作中死得最悲壮、最令人惋惜的角色。
• 龙溟：为了寻找水源拯救夜叉族，潜入蜀山盗取神农鼎，在神降密境被骨蛇所伤，最终因保护弟弟龙幽而力竭战死,他在死前将夜叉族的未来托付给了龙幽。
• 凌波：因帮助龙溟盗鼎而背叛师门，被蜀山囚禁，在龙溟死后，她因体内魔气反噬和心力交瘁，在蜀山禁地的锁妖塔前（或附近）死去,至死未能再见龙溟一面。
• 暮菖兰：作为整个故事的见证者，她活到了最后，她背负着村子的诅咒（枯木）四处奔波，最终在瑾轩和瑕归来后,继续踏上了寻找解除村子诅咒方法的旅途。
• 皇甫卓：回到皇甫世家，承担起家族重任,成为了正直的武林盟主式人物。
• 结萝：后来成为苗疆的毒影（即《仙剑五》中的毒影），与姜世离的手下厉岩（血手）在一起。
• 姜承（姜世离）：被魔翳设计，最终彻底魔化成为净天教教主姜世离，被蜀山联合四大世家封印在锁妖塔（或血玉中，视五前与五的剧情衔接），与儿子姜云凡的故事在《仙剑五》中继续。

《仙剑五前传》的结局基调是“虽有遗憾，但终得圆满”，虽然谢沧行、龙溟、凌波等人的死令人扼腕，但夏侯瑾轩和瑕的“死而复生”给了玩家最后的安慰，结局动画中暮菖兰的那句“没什么，我只是想起了从前”，配合着《有情燕》的旋律,成为了许多玩家心中难以忘怀的经典画面。